主演：绪方惠美 石田彰 林原惠美 宫村优子 山寺宏一 三石琴乃 坂本真绫 山口由里子 立木文彦 优希比吕 清川元梦 麦人 大塚明夫 泽城美雪 大原沙耶香 伊濑茉莉也 胜杏里 山崎和佳奈 野田顺子 仪武祐子 齐藤佑圭 小野冢贵志 宫崎宽务 手冢弘道 合田慎二郎 手冢弘道 Tezuka Hiromichi 岩崎洋介
14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然入侵的九号机，返回了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外重逢朝思夜想的绫波，还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰（石田彰 配音）共同驾驶十三号机。长达14年的空白，期间的沧桑巨变和情感纠葛让真嗣不知所措。而看似温详情
